Diese Erweiterung kann im Helden- und im Zombiemodus gespielt werden. In dieser Erweiterung erreichen die Auseinandersetzungen zwischen S.H.I.E.L.D. und Hydra noch nie dagewesene Höhen. Während das Chaos zwischen lebenden und zombifizierten Helden weiter seinen Lauf nimmt, versucht Red Skull mit Heerscharen untoter Hydra-Soldaten die Macht zu ergreifen. Diese Horde ist bis an die Zähne bewaffnet und stellt sowohl für die Superhelden, als auch für die Zombiehelden eine echte Bedrohung dar. Es gibt nur einen Ausweg: Verteidigung des S.H.I.E.L.D.-Helicarrier und Sturm auf Hydras geheime Basis, aber Red Skulls wird mit unerbittlicher Faust zurückschlagen.
Für diese Erweiterung wird das Grundspiel „Marvel Zombies“ benötigt, um im Zombiemodus zu spielen, und/oder das Grundspiel „X-Men Resistance“, um im Heldenmodus zu spielen.